A Mayotte, 2 vecteurs compétents (Anopheles gambiae et Anopheles funestus) sont présents, permettant une transmission autochtone.
Après un affaiblissement des efforts de lutte contre le paludisme entre 1990 et 2000, la réorganisation des services depuis 2002 a permis de réduire fortement le nombre de cas autochtones passant d’encore 294 cas en 2007 à seulement 1 cas en 2015. En 2014, l’OMS a déclaré que Mayotte était officiellement entrée dans la phase d’élimination du paludisme. Depuis 2016 cependant, une recrudescence inquiétante des cas autochtones (18 cas) a été observée qui s’est poursuivie en 2017 et au début 2018.